Análise de RNAs-seq Assistida por Chatbot: um guia didático: do FastQ às vias metabólicas e análise de redes

A análise de RNA-seq sempre exigiu conhecimentos avançados em bioinformática, muitas vezes inibindo cientistas sem experiência nessa área e forçando-os a buscar ajuda especializada. Com o avanço da tecnologia, alguns processos se tornaram mais acessíveis e menos dependentes de linguagens de programação complexas. No entanto, essa ainda é uma tarefa desafiadora. Felizmente, a nova geração de cientistas e a comunidade em geral têm agora uma poderosa aliada: a inteligência artificial (IA). Ferramentas como o ChatGPT estão revolucionando as ciências, fornecendo comandos prontos, ajudando na escrita, criando resumos e sugerindo abordagens inovadoras. Modelos avançados, como o GPT-4o, podem até interpretar e gerar imagens a partir de dados. Este livro foi desenvolvido para auxiliar estudantes de graduação e pós-graduação que não têm familiaridade com bioinformática, especialmente com linguagens de programação como R e sistemas Linux. Ele oferece um guia passo a passo para a análise de RNA-seq, desde a obtenção dos arquivos brutos (FastQ), passando por alinhamento dos reads, análise de expressão diferencial, enriquecimento de conjuntos de genes e vias metabólicas. Nossa abordagem prática e simples mostra como utilizar IA. para fornecer comandos, corrigir erros de execução, aprimorar comandos existentes e explorar dados de forma visualmente atraente. Com este guia, cada usuário poderá gerar scripts personalizados, facilitando o processo de análise e tornando-o acessível a todos.