Certa noite, o jovem Milo Thatch é convidado a embarcar numa expedição em busca de Atlântida, o reino perdido, que num passado remoto foi engolido por uma onda imensa, deixando isolada uma das mais avançadas civilizações de que já se teve notícia. Depois de muitas aventuras, Milo chega a Atlântida - e então começa o seu desafio maior - ajudar a resgatar a princesa Kida, que está aprisionada num imenso cristal, e assim salvar todos os habitantes de Atlântida.